Συνιστούν ενιαία Υπηρεσία, η οποία συγκροτείται από την Κεντρική Υπηρεσία (Κ.Υ.), με 7 Διευθύνσεις, 54 Τμήματα Περιφερειακών Υπηρεσιών και 7 Αρχειοφυλακεία.
Εφορεία
Στην Υπηρεσία των Γ.Α.Κ. λειτουργεί συλλογικό όργανο με τον τίτλο "Εφορεία των Γενικών Αρχείων του Κράτους". Η σύνθεση της Εφορείας είναι εννεαμελής και αποτελείται από τον Πρόεδρο και από οκτώ μέλη, τα οποία έχουν αποδεδειγμένα ασχοληθεί με θέματα αρχείων και έχουν δημοσιεύσει αρχειακές έρευνες και μελέτες ή έρευνες και μελέτες της μεσαιωνικής και νεότερης ελληνικής ιστορίας και από τον Προϊστάμενο της αρμόδιας για τα Γ.Α.Κ. Υπηρεσίας του. Στις συνεδριάσεις της Εφορείας μετέχει και ο Γενικός Διευθυντής των Γ.Α.Κ. ως εισηγητής χωρίς ψήφο. Η θητεία της Εφορείας είναι τριετής. Η λειτουργία και οι αρμοδιότητες της Εφορείας καθορίζεται από το άρθρο 186 του Ν.4610/2019.
Γενικός Διευθυντής
Ο Προϊστάμενος της Κεντρικής Υπηρεσίας (Κ.Υ.) των Γ.Α.Κ. κατέχει τον βαθμό του Γενικού Διευθυντή (Γ.Δ.) και προΐσταται της αυτοτελούς υπηρεσίας των Γ.Α.Κ. Η θέση του Γενικού Διευθυντή είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης. Είναι επιστημονικός και διοικητικός Προϊστάμενος της Κ.Υ. και των Περιφερειακών Υπηρεσιών (Π.Υ.). Η θητεία του είναι τετραετής και ανανεώσιμη μία (1) φορά ύστερα από θετική εισήγηση της Εφορείας των Γ.Α.Κ. Η θητεία του απερχόμενου Γενικού Διευθυντή παρατείνεται μέχρι την ανάληψη καθηκόντων του νέου Γενικού Διευθυντή (Ν.4610/2019).
Κεντρική Υπηρεσία
Η Κ.Υ. είναι αρμόδια για την εποπτεία και το συντονισμό των επιμέρους Διευθύνσεων και Τμημάτων, σε κεντρικό και περιφερειακό επίπεδο, και τη λήψη κάθε είδους μέτρου για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας της λειτουργίας των Υπηρεσιών.
Η Γενική Διεύθυνση των Γ.Α.Κ. αποτελείται από τις εξής οργανικές μονάδες:
α) Διεύθυνση Πρόσκτησης και Επεξεργασίας Αρχείων.
β) Διεύθυνση Αρχειακής Έρευνας, Προβολής, Επικοινωνίας, Συντήρησης και Διατήρησης αρχείων.
γ) Διεύθυνση Διοικητικών και Τεχνικών Υπηρεσιών.
δ) Διεύθυνση Συντονισμού Περιφερειακών Υπηρεσιών (Π.Υ.), στην οποία υπάγονται τα επιμέρους τμήματα των Π.Υ. των Γ.Α.Κ.
ε) Διεύθυνση Γ.Α.Κ. - Ιστορικό Αρχείο Μακεδονίας, στο οποίο υπάγεται το Τμήμα Αρχείου Χαρτογραφικής Κληρονομιάς (Α.Χ.Α.Κ.), σύμφωνα με το άρθρο 5 του Ν.4109/2013 (Α΄ 176).
στ) Διεύθυνση Γ.Α.Κ. – Αρχεία Κέρκυρας, στην οποία υπάγεται και το Αρχειοφυλακείο Παξών, όπως μετονομάζεται εφεξής το «Γ.Α.Κ. – Τοπικό Αρχείο Παξών» με έδρα τους Παξούς.
ζ) Διεύθυνση Γ.Α.Κ. – Ιστορικό Αρχείο Ηπείρου.Για να επικοινωνήσετε με κάποιο Τμήμα της Κεντρικής Υπηρεσίας ή με κάποια Περιφερειακή Υπηρεσία των Γ.Α.Κ., δείτε εδώ.
Περιφερειακές Υπηρεσίες
Τα 54 Τμήματα των Γ.Α.Κ. αποτελούν Περιφερειακές Υπηρεσίες (Π.Υ.), όπως επίσης και τα 7 Αρχειοφυλακεία, που λειτουργούν σύμφωνα με το άρθρο 174 του Ν.4610/2019.